确认劳动关系并不适用于仲裁时效。
根据民法理论，“诉”有三类：确认之诉、给付之诉和变更之诉，在这三类“诉”中只有给付之诉和变更之诉适用诉讼时效制度，确认之诉不受诉讼时效限制。《劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释虽没有明确规定劳动关系确认是否适用仲裁时效，但按照民法理论中确认之诉不适用诉讼时效制度的法理精神，确认劳动关系案件应不受仲裁时效的限制。
(一)从劳动争议仲裁时效的规定看，劳动关系确认不适用仲裁时效制度
仲裁时效制度规定于《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。同时，对劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议作出了不受一年诉讼时效期间限制的规定。《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》(法释[2006]6号)第一条对劳动争议发生之日和适用仲裁时效问题作了进一步的界定，但未对确认劳动关系是否适用一年时效问题予以明确。《劳动人事争议仲裁办案规则》第三十条规定，“仲裁委员会对符合下列条件的仲裁申请应当予以受理，并在收到仲裁申请之日起五日内向申请人出具受理通知书：
第一属于本规则第二条规定的争议范围;
第二有明确的仲裁请求和事实理由;
第三在申请仲裁的法定时效期间内;
第四属于仲裁委员会管辖范围。”又根据《劳动争议调解仲裁法》第二条第一项规定，确认劳动关系争议属于劳动争议。从上述规定可以看出，劳动争议仲裁委员会对劳动者申请确认劳动关系是否在时效期间进行审查的前提是“用人单位与劳动者因确认劳动关系发生的争议”，若劳动者只申请劳动关系确认，并不存在与用人单位“发生争议”的问题，那就不符合《劳动争议调解仲裁法》第二条第一项规定的 “争议”问题，当然也就不适用仲裁时效的相关规定。因此，确认劳动关系虽属劳动争议的受案范围，但却不适用仲裁时效的相关规定。
(二)从民法原理分析，劳动关系确认不适用仲裁时效制度
劳动争议在救济途径上是民事处理的前置程序，其相关规定应适用民法的一般原理。
第一、从民事诉讼的角度讲，确认劳动关系是对劳动者和用人单位是否存在劳动关系这一法律关系的确认，属于民诉中的确认之诉，不受诉讼时效限制。
第二、确认劳动关系只是对法律关系的确认，并没有权利义务被侵害的情形，尽管一方当事人申请确认劳动关系是为了进行下一步的权利维护。
第三、申请确认劳动关系与将要进行的权利维护是两个诉，不能将下一个诉求中应该适用的法律规定放到确认之诉中适用，因为申请人提出确认请求不是在行使请求权，也不存在义务人履行义务的问题。
(三)从仲裁实践看，劳动关系确认若适用仲裁时效制度将产生难以逾越的法律障碍和无法解决的社会问题
仲裁实践中，确认劳动关系涉及社会保险缴纳、职业病诊断、工伤认定等劳动者权益的维护，若劳动关系的确认适用仲裁时效的制度规定，将会带来社会不公，不能实现法律效果和社会效果的统一。
