要根据合同条款中不同的瑕疵来决定处理方式，具体为：
瑕疵一：有的条款没意义
乙方在付给甲方定金(币种 )(大写) 元，(小写) 元。 上述定金：在乙方最后一次付款时充抵房款在时由甲方退还乙方。 在实际操作中，买房人支付的定金多在支付房子首付款时扣除或充抵，这个条款中“最后一次付款”没有实际意义，建议将这一款分成“在房子首付款和房款尾款支付时”两种情况，让二手房买卖双方选择时更加清楚;而双方约定具体时间由甲方退还乙方的条款，在实际中也很不合理，因为买卖双方大多选择充抵房款。
瑕疵二：户口迁不出责任难认定
甲方应将其落户于该房屋的户籍关系迁出。 在操作中，一般会选择“在房屋产权过户前”迁户口，但是契约没有对迁不出户口、户口迁出延期作出提示性条款，也没有对卖房人迁不出户籍关系作出违约责任的提示，常常造成买卖双方的纠纷，并且这种纠纷还不是卖房人赔钱就能解决的。
瑕疵三：具体税费表述不清晰
除本条第二款已有约定外，办理以上手续应当缴纳的税费，由：甲、乙双方按国家规定各自承担 ，甲方承担或乙方承担。 这一条款产生的争议最大，因为税费直接牵涉到卖房人是否将其加入到房价的问题。卖房人需要承担二手房买卖中的营业税、个人所得税，买房人需要承担办理房产证的契税，正由于税费有好多种，契约仅仅规定了三种可选：要么甲、要么乙、要么双方各自承担。而恰恰卖房人会把个税或营业税转移给买房人，如果说按照国家规定，后面的甲方承担和乙方承担完全就不应在条款中体现，要体现的话，应该具体到什么税。
瑕疵四：房屋损毁问题有漏洞
该房屋毁损、灭失的风险自：房屋正式交付之日 ，权利转移之日起转移给乙方。通常理解的房屋正式交付，应该是房产交易全部结束，包括房款结清和产权变更。而在实际中，会出现卖房人在还没有收齐全部房款、产权还没有转移时(一般是为了等到满5年后再交易，为避交房价5.5%的营业税)，就已经把房子给买房人使用了，这时出现房屋灭失的话，因为产权还未变更，又容易引起纠纷。建议增加“先过户后交房”、“先交房后过户”的选项，保障买卖双方利益。
瑕疵五：契约没有标注用途
本契约一式 份。其中甲方留执 份，乙方留执 份，为申请房屋所有权转移登记提交房屋权属登记机关一份。契约一式几份其实很重要，在实际签约中，常常是“一式五份，甲方一份、乙方三份，产权权属登记一份”。乙方作为买房人，如果是一次性付款的，可以留两份，一份备存、一份交契税用;而留三份的，主要是为了按揭贷款时用一份。很多买房人不知道留这么多份干嘛用，在条款中应该对每份的用途作出说明，让买房人明白消费。
在二手房交易中，购房人与房屋出卖人在签订合同时，要仔细阅读合同的内容，要是发现二手房买卖合同有瑕疵的话，则需要及时的提出并进行处理，以免日后给自身利益造成损害。如果对此不是很了解的话，可以在律师的帮助下签订相应的合同。
