被征收房屋的性质如何认定，是在实际的工作中经常遇到的问题，例如在住改商房屋征收中，登记的是住房，而实际中却有很多是在底层，用作经营，这种登记是住房，实际是商业性使用的房屋的补偿。
国务院办公厅下发了《关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》规定：“对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营状况，经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。”此规定可以作为审查行政行为合法性的补偿依据。具体而言：
1、房屋产权证上所登记的房屋使用性质，应当作为确定房屋性质的依据;
2、房屋性质发生变更的，房屋所有人应当向房管局申请变更登记;
3、规划和土地管理部门确定该房屋的性质为住宅，并且实际用于居住的，应当按照住宅给予补偿安置;
4、规划和土地管理部门确定该房屋的性质为住宅，但依法取得营业执照并用于商业经营的，应当按照住宅予以补偿安置，同时根据其经营状况、经营年限以及纳税等实际情况给予适当补偿。
国家机关组织的拆迁一般都是公益性拆迁，对于法人或者是非法人组织组织的拆迁那就属于是盈利性的拆迁，因为是出于商业目的进行的，拆迁机构在拆迁之前，应当与被拆迁户进行协商，并订立拆迁协议，拆迁协议中必须明确约定拆迁补偿的标准。
