第一，怀孕期间。《女职工劳动保护规定》第7条规定：怀孕的女职工，在劳动时间内进行产前检查，应当算作劳动时间。即员工因产前检查依法休假的，用人单位应当视同其正常劳动支付工资。因此，像你这样的女员工孕期请假在医疗机构检查时的工资待遇，用人单位也不能扣除。检查费、治疗费等可以由生育保险支付或报销。
第二，产期。产假期间的工资待遇也是连同企业是否为员工缴纳生育保险费综合考虑的。在用人单位参加了社会生育保险的情况下，按照《企业职工生育保险试行办法》的规定，女员工产假期间的生育津贴按照本企业上年度职工月平均工资计发，由生育保险基金支付。生产期间发生的接生费、手术费、住院费和药费等也可以由生育保险基金列支。如果用人单位已经为该女员工发放了工资，生育津贴则可以由用人单位代为领取，以充抵已经支付的工资。
有些地方法规还规定，如果该员工上一年度月平均工资收入高于所在地区职工月平均工资300%，超过部分不计入缴费基数而不足其缴费年度工资性收入的，社会保险基金支付的生育津贴不足部分，应由其所在单位以补齐。但是如果用人单位没有参加生育保险，应当按照《女职工劳动保护规定》和1988年原劳动部《关于女职工生育待遇若干问题的通知》规定，在正常产假期间照发女员工的工资。
第三，哺乳期间工资。哺乳期是产假之后的一个时间段，在这段期间，女员工是需要正常上班的，但是每天可以享受1个小时的哺乳时间，而且不包括路上的交通时间。因此，女员工处于哺乳期间，用人单位也须严格按照劳动合同约定的薪金水平支付工资待遇，不能擅自(单方)降低和减少。
在女员工的怀孕期间，按照规定单位是不能辞退员工的。如果辞退运孕期女员工的，必须按照国家相应的要求进行赔偿。赔偿的金额与员工的工作年限和全年的月平均工资有关，工作年限越长，平均工资越高能够得到的赔偿金就越多。如果对于赔偿金不满意，可以向劳动局申请仲裁。
