用人单位违法解除事实劳动关系仍然应当向劳动者支付赔偿金，主要理由有如下几点：
1、劳动合同是劳动关系书面化的表现，其目的为了保障劳动关系中劳资双方行使权利与履行义务，劳动关系是劳动合同的实际体现，有劳动合同未必已经建立劳动关系;换句话劳动合同与劳动关系是形式与实质的关系。如果违法解除劳动合同有赔偿金，而违法解除劳动关系没有赔偿金，必然存在保护形式而不保护实质的悖论。
2、在《劳动合同法》中，支付经济补偿金的适用前提也表述为“解除劳动合同”， 如果机械理解，解除事实劳动关系则无须支付经济补偿金，但《劳动合同法实施条例》第6条已经明确，在无劳动合同情况下解除事实劳动关系用人单位需要支付经济补偿金。合法解除事实劳动关系需要支付经济补偿金，违法解除事实劳动关系却不需要支付赔偿金，违法成本小于合法成本岂不谬哉?
3、事实劳动关系其实也存在期限和劳动合同。根据《劳动合同法》第14条第3款“用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同”。用人单位与劳动者存在事实劳动关系的状态满一年，即使双方仍未订立劳动合同，《劳动合同法》也已经为双方“拟制”了一份“无形”的无固定期限劳动合同。既然有合同，那么相应的法条也都可以适用。
4、二倍工资与赔偿金制度价值各异。二倍工资是为了督促企业提高书面劳动合同签订率而设立的惩罚性制度;赔偿金是为了限制单位利用自身强势地位擅自行使单方解除权而设立的制度。因此，每项制度有其自身价值，如果劳动者可以获得二倍工资就不能获得赔偿金，为何要设立这两项不同的制度?
5、《劳动合同法实施条例》第6条规定的在无劳动合同时单位应当支付经济补偿金是有明确条件的，那就是“劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的”，即不签合同的过错在于劳动者，如果不签合同的过错在单位又当何论?
在实践中，事实劳动关系虽然存在着一定的风险，但只要您能证明它确实存在，法律同样会保护您的合法权益。关于如何才能证明劳动关系的问题，律师365小编就为大家整理到此。如果在实务中，您自己无法收集能怎么劳动关系存在的证据，那么建议您可以咨询一下专业的律师，让律师帮助您。
