司法机关在处理行政案件过程中，实行的并非和睦调解而是独立审判原则。
然而，针对涉及到行政赔偿、补偿以及各级行政机关依据法律、法规所行使之自由裁量权等特殊类型的案件，司法机关可容许合乎程序的和平解决之道——即调解。
在此类行政赔偿诉讼中，司法机关早已解决了相关法律争议，并已确认了违法侵害行为这一主要事项。
此时，行政机关可以就具体赔偿金额等问题与原告进行友好协商。
在被告易于接受并且原告亦同意适度减免赔偿要求的前提下，原被告双方可以通过合法的调解进行和解以终结赔偿纷争。《行政诉讼法》第六十条
人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
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