财税〔2008〕159号文件规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。根据该规定，企业投资者从合伙企业分得的净收益需要缴纳企业所得税。该企业投资者本年度从合伙企业的分配所得应纳所得税为1000×25%=250(万元)。企业投资者对该项已缴纳所得税后的利润，须作为企业投资者对该合伙企业的分红进行入账。对于企业投资者确认的分红所得，根据我国《企业所得税法》及其实施条例规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。而《企业所得税法》第一条规定个人独资企业、合伙企业不适用本法。居民企业不包括合伙企业。因此，企业投资者取得合伙企业分配所得已缴所得税后的利润不属于《企业所得税法》所规定的免税范围，需要并入企业投资者其他应税所得计算缴纳企业所得税。
财税〔2008〕159号文件出台时，《合伙企业法》已经修订，并将法人企业增加到合伙人的范围。该文件规定，企业投资者取得的来源于合伙企业的所得缴纳企业所得税。由于财税〔2000〕91号文件出台时，合伙企业的合伙人范围只限于自然人出资，因此，按照当时的情况，财税〔2000〕91号文件表述为比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。可以看出，财税〔2000〕91号文件的这个规定与财税〔2008〕159号文件出现了抵触，因此，合伙企业在实务操作过程中需要按照新法优于旧法的原则执行财税〔2008〕159号文件规定。
另外，合伙企业在执行税收文件过程中，会产生如下纳税情形：按照财税〔2008〕159号文件规定，投资于同一合伙企业的两位投资者由于其性质不同，对于合伙企业的分配所得需要分别适用不同的所得税率，即自然人投资者适用个体工商户适用税率5%~35%，而企业投资人适用企业所得税率25%。企业投资人取得合伙企业的分配所得，先按合伙企业的规定缴纳企业所得税，按照《企业所得税法》及其实施条例的规定，该所得属于企业投资人的分红所得，由于没有免税规定，需并入投资人的其他应税所得，再计算缴纳企业所得税。
