根据《城市房地产开发经营管理条例》（2018修订）第九条的规定，房地产开发企业实行资质等级制度。房地产开发企业应当按照核定的资质等级，承担相应的房地产开发项目。
在合作开发房地产项目中，合作主体资质不合格是否会导致合同无效应当分以下三种情况进行讨论：
1.合作开发房地产合同的双方当事人均不具备房地产开发经营资质的，合同无效。
2.合作开发房地产合同的当事人一方具备房地产开发经营资质的，应当认定合同有效。
3.合作开发房地产合同的双方当事人均不具备房地产开发经营资质，但起诉前当事人一方已经取得房地产开发经营资质或者已依法合作成立具有房地产开发经营资质的房地产开发企业的，应当认定合同有效。
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