农村自建房拆迁也应该是有房产证的，不过，绝大多数的村民都只有集体土地使用证，没有办理房产证，所以，如果普遍都是这种情况的话，当地政府部门还是会按照制定好的政策依法补偿的。
根据我国相关法律法规的规定，房屋拆迁的程序主要有：
1、调查核实。拆迁人收到征地批文后，首先要到派出所、房管站抄录征地范围内的常住人口，以及全部房产情况，按表格逐一登记，并上门大量核实。
2、逐户走访。拆迁人应成立拆迁小组，对所有的被拆迁人逐户走访，全面进行宣传接触，了解被拆迁人的拆迁安置愿望。
3、编制拆迁计划。根据调查核实的情况以及国家、地方有关拆迁的法律规定，及时编制拆迁计划和拆迁方案，确定拆迁时间、拆迁步骤和拆迁形式。
4、申请拆迁。拆迁人持有关的国家批文、拆迁计划和拆迁方案，向当地拆迁主管部门提出申请。经申查批准并领到拆迁许可证后，方可进行拆迁。
5、发出拆迁公告。拆迁许可证一经批准发放，拆迁主管机关应将拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等以公告或其他形式予以公布，同时应作好房屋拆迁的宣传、解释工作。
6、签订协议。在公告规定的时限内，拆迁人与被拆迁人应按国家和本地区关于安置、补偿的有关规定在自愿、有偿的基础上签订协议书。协议应明确补偿办法和数额、安置面积和地点、搬迁过渡方式和时限以及违约责任等。协议经双方同意，可送拆迁主管机关备案和公证机关公证。
7、实施拆迁。被拆迁人搬迁后，拆迁人应及时在批准的拆迁范围和期限内实施拆迁。
