对于未能签署劳动合同但在后续阶段进行补充签署的情况，通常可以被视为具有合法有效性。
然而，以下几种情况则可能导致该协议的无效或部分无效:
首先，如果该协议的签订过程中存在欺诈、威胁或利用他人弱点等不当手段，使得对方当事人在不了解其真实意图的情况下做出决定，那么此类协议将被认定为无效;
其次，如果用人单位通过该协议试图逃避自己所应承担的法定责任，或排除了劳动者本应享受的权益，那么这种行为也会导致该协议的无效;
最后，如果该协议的内容违反了任何法律或行政法规中的强制性规定，那么它将无法获得法律的认可和支持。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条
下列劳动合同无效或者部分无效：
（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
（三）违反法律、行政法规强制性规定的。
对劳动合同的无效或者部分无效有争议的，由劳动争议仲裁机构或者人民法院确认。
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