自建厂房拆迁的补偿有：替代厂房土地的价差损失；厂房经营损失、停业停产损失；地上物即厂房房屋、机器设备等固定资产的损失；厂房拆迁搬迁费以及解聘员工的安置补偿费用。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
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