1、按服务项目付费。指对工伤医疗服务过程中的每一项服务项目制定价格，工伤职工在享受医疗服务时，逐一对服务项目付费或计费，然后由社会保险经办机构按规定向工伤职工或医疗机构、辅助器具配置机构偿付费用。
2、按服务单元付费。指将服务的过程按照一个特定的参数划分为相同的部分，每一个部分成为一个服务单元，例如，一个门诊人次、一个住院人次和一个住院床位。医疗机构根据历史资料及其他因素制定出平均服务单元费用标准，然后由社会保险经办机构根据医疗机构的服务单元进行偿付。
3、按人头付费。指社会保险经办机构每月或每年按医疗机构服务的人数和规定收费定额预付给服务提供方一笔固定的费用，在此期间，供方提供服务协议规定范围内的一切医疗、康复服务，不再收费。
4、按病种收费。指根据国际疾病分级法，将住院人病症按诊断、年龄、性别等分为若干组。每组又根据疾病的轻重程度及有无合并症、并发症分为几级，对每一组不同级别，都制定相应的标准偿付费用，按这种费用标准对该组某疾病的治疗全过程一次性向医疗机构偿付。
属于工伤保险基金支付的医疗费用、康复费用、辅助器具配置费用，应由社会保险经办机构与协议机构直接结算。社会保险经办机构要按照服务协议的规定及时结算并支付费用;要规定结算程序、明确结算期限、简化结算手续，提高社会化管理服务水平。协议机构要配备相应的人员，负责核算工伤职工的有关费用，按协议规定提供费用结算所需的有关材料。
由此可见，工伤保险基金的设立就是为了保障受伤职工能够拿到该有的赔偿，工伤保险基金支出项目有伤残津贴、伤残补助金、丧葬补助金、工伤鉴定费用及康复费用等。工伤保险基金在进行赔付的时候，会根据职工的工伤等级确定赔偿项目的具体金额，然后打到职工的社保卡中。
