分居协议书满足合同无效情形的，是可以推翻认定为无效的。但分居协议书的无效，并不意味着分居协议书的所有条款无效。例如在分居协议书中有关处分夫妻财产关系的条款，如不违反我国法律强制性规定，则为有效。
《民法典》第一百五十三条 违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是,该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十四条 行为人与相对人恶意串通,损害他人合法权益的民事法律行为无效。
第一百五十五条 无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。
第一百五十六条 民事法律行为部分无效,不影响其他部分效力的,其他部分仍然有效。
