1、返还财产
根据《合同法》第58条之规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。可见，返还财产(折价补偿)与赔偿损失乃股权转让合同被确认无效或者撤销之后的主要处理措施。
2、办理手续
就返还财产而言，无论是转让方，还是受让方，都应将其从对方取得的财产予以返还，从而将合同双方当事人之间的利益关系恢复到无效合同缔结前的原状。就受让方而言，其有义务将其依据无效或被撤销的股权转让合同所取得的股权返还给转让方。公司有义务协助转让方办理股权回转的相关手续(如修改章程、变更股东名册、前往公司登记机关办理股东变更登记)。
3、分红返还
受让方依据无效或被撤销的股权转让合同所取得的股利亦应完璧归赵;否则，构成不当得利。但要返还给谁，需要具体情况具体分析。受让方分红时符合分红条件与程序的，应将红利返还转让方;受让方分红时不符合分红条件与程序的，应将红利返还公司。道理很简单：转让方即使未与受让方缔结无效或被撤销的股权转让合同，也不能违法分红。
4、赔偿损失
就赔偿损失而言，无论是转让方，还是受让方，对由于自己的过错而给对方造成的实际财产损失，包括直接财产损失与间接财产损失，都应承担赔偿责任。当然，赔偿的损失仅限于返还财产之后仍无法消弭的财产损失。
5、股东资格
另外，受让方向转让方赔偿损失的范围不包括公司利益直接受损、转让方作为股东利益间接受损的部分。受让方在实际经营管理公司期间不法侵害公司合法权益的行为不仅导致公司利益直接受损，而且导致股东利益间接受损。在这种情况下，只要公司遭受的损害获得了赔偿，股东利益也将因此而灰飞烟灭。因此，转让方不能就此对受让方股东主张损害赔偿，而只能通过敦促公司对受让方股东提起损害赔偿之诉;公司怠于或者拒绝对其提起诉讼时，转让方在恢复股东资格以后可以依法提起股东代表诉讼。在计算转让方作为原告股东的持股期间时，转让方的股东资格视为未中断。
股权转让协议无效后果主要就是要返还财产，去工商部门办理手续，受让方所取得的股权要归还，包括红利。受让方或者转让方由于自己的过错给对方造成实际财产损失的，都要赔偿。所以大家在签订股权转让协议的时候，最好是找一名专业人士陪同。
