广州有一套90平米的房子，贷款已经结清。首付五成。

您好，在上海买房不会被认定为二套房，契税的征收只看在本市的房产数，因此您在上海所购房屋契税会根据首套房的标准的进行缴纳，具体是否为一个点，还要看您的房屋面积。
①若建筑面积≤90平，税率1%；
②若建筑面积＞90平，税率1.5%。关于贷款和缴税的时候所判定的首套、二套条件是不一样的，具体条件您可以参考如下：
①公积金贷款时，判定套数银行是以家庭为单位（夫妻双方及未成年子女为一个家庭），看您在本市范围内的房贷记录，外地房贷记录和住房数不影响本市购房。您之前在广州有过房贷记录，在上海购房还是首套房。如果您的房子面积≤90平，那么最低首付比例不低于20%，若＞90平，最低首付比例不低于30%。
②商业贷款时，是看您在全国范围内的房贷记录。您之前在广州有过房贷记录，在上海购房是二套房，至少首付5成。
③契税缴纳标准主要依据在本市的居民家庭房产数。如果在上海名下无房，则契税按照首套征收，建筑面积小于等于90平，税率1%；建筑面积大于90平，税率1.5%。若二套无论面积大小，税率3%