合作医疗住院报销的比例是:乡镇级(一级医院)住院报销的比例是85%,起付线是200元;县级(二级医院)住院报销的比例是70%,起付线是500元;市级(三级医院)住院报销的比例是55%,起付线是700元;省级(三级医院)住院报销的比例是50%,起付线是1000。
《社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用,按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。