1、休年假扣全勤奖不合法。
2、工资是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定,以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬,一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。
3、劳动者应获得的全勤奖属于工资范畴,其工作单位不应因员工依法休带薪年休假而减少员工的工资收入,其中包括奖金收入。
4、法律依据:《职工带薪年休假条例》第二条机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作一年以上的,享受带薪年休假(以下简称年休假)。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。