社保和农村合作医疗的区别有：
1、针对的人群不同：城镇居民基本医疗保险即社保，覆盖范围是具有非农业户籍、不在城镇职工基本医疗保险覆盖范围的城镇居民。而新农合针对的人群是农村户口的人群。
2、系统管理不同：新农合是卫生局的业务，而城镇医保属于社保系统管。
3、筹资水平不同，报销比例也有区别。城镇职工医保政策范围内住院费用报销比例达80%以上，城镇居民医保和新农合政策范围内住院费用报销比例分别达70%左右和75%左右。
4、报销上的差别：新农合参合农民的个人账户的钱，目前可以在自己县区的基层医疗机构使用，却没办法像医保卡一样随时刷卡。而城镇医保是在各个区域方便，可随时报销，如果跨区域看病的话，还需先到医保部门备案，自费后再报销。
法律依据：《社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
