一、月薪40000扣除个人所得税算法如下:
1、应纳税所得额=工资收入金额-各项社会保险费-起征点(5000元)
2、应纳税所得额=40000-0-5000=35000
3、应纳税额=应纳税所得额x税率-速算扣除数
4、应纳税额=35000x25%-2660=6090
二、法律依据:《中华人民共和国税收征收管理法》第八条
纳税人、扣缴义务人有权向税务机关了解国家税收法律、行政法规的规定以及与纳税程序有关的情况。
纳税人、扣缴义务人有权要求税务机关为纳税人、扣缴义务人的情况保密。税务机关应当依法为纳税人、扣缴义务人的情况保密。
纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。
纳税人、扣缴义务人对税务机关所作出的决定,享有陈述权、申辩权;依法享有申请行政复议、提起行政诉讼、请求国家赔偿等权利。
纳税人、扣缴义务人有权控告和检举税务机关、税务人员的违法违纪行为。