在实体处理上，一旦当事人不服仲裁裁决向法院提起诉讼，仲裁裁决即丧失效力，应直接作出裁判。
需要说明的是，此类案件原告的起诉具有特殊性，即他不是要求被告赔偿他的损失，只是请求法院确认他有无须赔偿被告。
那么法院的审理应该就原告是否应当赔偿被告以及赔偿多少来进行，而不能以原告打一场官司(在被告没有反诉的请况下)，不仅没有得到赔偿，反而赔了被告，这种似是而非的观念来看待。
(二)当事人对劳动争议仲裁裁决中的部分事项不服，争议仲裁裁决的效力问题。
我国劳动法及民事诉讼法规定，劳动争议仲裁是劳动争议案件进入诉讼的前置程序，如果当事人不服劳动仲裁裁决依法起诉到人民法院的，劳动争议仲裁不应发生效力。
但在劳动争议案件进行入诉讼程序后，因劳动争议案件进行审理就又面临新的问题。
依据我国民事诉讼法规定的不告不理的原则，人民法院只可对当事人就劳动争议仲裁裁决部分事项不服而提出的请求进行审理，而不能对劳动争议案件进行全面审理。
同时最高人民法院对劳动部《关于人民法院审理劳动争议案件几个问题的通知函》的答复中明确规定，劳动争议当事人对仲裁决定不服的，向人民法院起诉的，人民法院仍应以争议的双方为诉讼当事人，不应将劳动争议仲裁委员会列为被告或第三人。
在判决书、裁定书、调解书中不含有撤销或者维持仲裁决定的内容的内容。
依据该规定，人民法院也不能在对劳动争议案件进行处理的判决书、裁定书、调解书中，对当事人未提起诉讼的部分劳动争议仲裁裁决事项作出维持仲裁裁决的内容。
据此，当事人对没有提起诉讼的部分劳动争议仲裁裁决的事项，将失去向人民法院申请执行的依据。
如果人民法院对劳动争议仲裁裁决的全部内容一并审理，虽解决了当事人就提起诉讼的部分劳动争议仲裁裁决事项向人民法院申请执行的问题，但又违反了民事诉讼法不告不理的原则。
(三)当事人对仲裁裁决不服向人民法院起诉后又撤诉的，仲裁裁决的效力如何。
对这个问题有不同的认识，主要涉及在劳动争议诉讼没有进入实质性处理时，仲裁裁决的效力如何确定，是否需要法院予明示裁决的效力。
一种观点认为，在人民法院裁定准予撤诉后，应当明确恢复仲裁裁决的法律效力。
一种观念认为，在人民法院裁定准予撤诉后，不应通过司法裁决确认裁决的效力，而是仲裁裁决自行发生法律效力。
