1、实施动因不同
棚户区改造从根本上讲，是一项民生工程，目的是要解决住房条件最困难的那部分群众的住房问题，为了消除该区域住房安全隐患，完善配套设施，改善居民生活条件。
房屋征收则是为了实现某特定公共利益，如：建公立学校，修军用机场等。尽管棚户区改造具有公共利益特性，但它只是公共利益中的一种类型，是《征补条例》第八条规定的公共利益情形之一，而不能涵盖全部公共利益范畴。
2、处置对象不同
棚户区改造针对的是简易房、危房、旧房，通常以住房居多。而征收时，不受被征收房屋现状和用途限制，既可以是危旧房，也可以是新房，不管是住房，还是写字楼、商铺、厂房，甚至养殖用房，只要是公共利益之需，都可以纳入征收拆除范围。
棚户区改造可以针对国有土地上房屋和集体土地上房屋，而《征补条例》只能针对国有土地上房屋实施征收。
3、处理方式不同
棚改，棚改，意味着以改造为主，拆除为辅。
棚户区改造方式是多样化的，包括修缮加固、改建(扩建、翻建) 和拆除新建，拆旧建新是不得以而为之的方式。
