治疗期间并不影响工伤认定的申请。可以按以下流程申请工伤认定：
1、申报
(1)单位申请
职工发生伤亡事故后，用人单位应当立即向当地劳动保障保障行政部门和工伤保险经办机构报告，并填报《事故伤害报告表》。同时，应在伤亡事故发生或职业病确认诊之日起30日内填表写并提交《工伤认定申请表》和首诊病历本、旁证材料、身份证等有关材料。
未参加工伤保险的用人单位应提交用人单位的营业执照复印件或工商行政管理部门出具的查询证明。
(2)职工或直系亲属申请
用人单位未在规定期限申请认定的，职工或直系亲属可在伤亡事故或职业病确诊之日起一年内直接向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
2、受理
如职工或其直系亲属的申请超过一年的期限，或不符合管辖权规定，劳动保障行政部门将不予受理，出具《不予受理决定书》。如申请材料不全的，劳动保障行政部门当场或在7个工作日内以书面形式一次性告知申请人。
3、调查
对职工或直系亲属提出工伤认定申请的，劳动保障行政部门对用人单位发出《工伤认定协查通知书》，要求单位提供相关材料，单位应在规定期限内如实提供情况和有关证据，在规定的时间内未能提出相反证据的，视为对职工或其直系亲属提供的证据材料无异议。
