一、两者的实质不同：
1、学生医保的实质：学生医保就是 农村医疗保险（新农合）、城外医疗保险、单位医保。在校大中专、中小学生、幼儿通过校方来购买的医疗保险，参保学生如发生疾病可就近选择一家定点医院进行住院治疗，城区学校的学生凭学生参保卡、身份证（户口薄原件）到所选择医院医保办。
2、普通医保的实质：一般指基本医疗保险，是为了补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的一项社会保险制度。通过用人单位与个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，由医疗保险机构对其给予一定的经济补偿。
二、两者的组成不同：
1、学生医保的组成：中小学生基本医疗保险费由个人缴纳和政府补助两部分组成。筹资标准为每人每年230元，其中政府补助200元，个人缴纳30元；对于低保家庭和重度残疾学生个人缴费由政府全额补助。
2、普通医保的组成：医疗保险同其他类型的保险一样，也是以合同的方式预先向受疾病威胁的人收取医疗保险费，建立医疗保险基金；当被保险人患病并去医疗机构就诊而发生医疗费用后，由医疗保险机构给予一定的经济补偿。
医疗保险也具有保险的两大职能，风险转移和补偿转移。即把个体身上的由疾病风险所致的经济损失分摊给所有受同样风险威胁的成员，用集中起来的医疗保险基金来补偿由疾病所带来的经济损失。
三、两者的性质不同：
1、学生医保的性质：现在全国各地都实行了学生医保，但有一些地方还是针对性的实行本地政策，也就是除本地以外的学生不可以通过学校的途径来购买学生医保，这是很多学生都不能享受这个政策。如今人民对学生医保的实行也有很多不同的意见，有很多家长认为在学校买保险至终不放心，但也有很多家长十分赞同。
2、普通医保的性质：医疗保险在传统意义上就是指由特定的组织或机构经办，通过带强制执行的政策法规或自愿缔结的契约，在一定区域的一定参保人群中筹集医疗保险基金。
基本医疗保险制度的建立和实施集聚了单位和社会成员的经济力量，再加上政府的资助，可以使患病的社会成员从社会获得必要的物资帮助，减轻医疗费用负担，防止患病的社会成员“因病致贫”。
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