首先，交强险是由国家法律规定实行的强制保险制度，责任限额固定。而商业三者险并非强制性保险，投保人自行决定是否投保，投保的责任限额亦由其自己选择。其次，两个险种的赔偿原则和赔偿顺序不同，交强险实行的是“无过错责任”原则，即无论被保险人是否在交通事故中负有责任，保险公司均在责任限额内予以赔偿。而商业三者险采取的，则是“保险公司根据被保险人在交通事故中所承担的事故责任，来确定其赔偿责任”。
在赔偿顺序上依据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第16条规定：“
同时投保机动车第三者责任强制保险(以下简称“交强险”)和第三者责任商业保险(以下简称“商业三者险”)的机动车发生交通事故造成损害，当事人同时起诉侵权人和保险公司的，人民法院应当按照下列规则确定赔偿责任：(一)先由承保交强险的保险公司在责任限额范围内予以赔偿;(二)不足部分，由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿;(三)仍有不足的，依照道路交通安全法和侵权责任法的相关规定由侵权人予以赔偿。根据规定，交强险最高赔付限额为12.2万，其中，死亡伤残最高11万元、住院治疗1万元、财产损失2021元。但在现实中常出现各项赔款超过交强险的赔偿限额，如果没有投保商业三者险，投保人很有可能就要自己承担一定费用。建议车主在购买车险时，除了交强险外，商业三者险仍不可少，这样在发生重大交通事故的时候，保险公司可以帮助支付超额的费用。
