第二种情形是，如果劳动合同中明确约定了基本工资和加班费的标准，并且约定的加班费的计算基数不低于基本工资的，有的法院按照约定的数额计算加班费，有的法院以基本工资为基数计算加班费。此方式在有的情况下呈现出了不合理性，因为，除了基本工资之外，劳动者的工资报酬还有以津贴或者其他形式体现的。在以基本工资为基数计算加班费时，实际上未将劳动者的工资报酬完全涵盖进来，从而加班费的数额就比劳动者的应得数额少。
第三种情形是，劳动合同中约定了劳动者的基本工资，但是没有约定加班费的计算基数，且用人单位实际支付加班费的计算基数低于基本工资的。我们认为，从《劳动法》的规定来看，加班费的计算标准之所以高于平时的工资，主要原因是对劳动者丧失休息时间的一种补偿，具有保护劳动者的立法目的，因而属于强行性规范。在劳动合同没有约定加班费计算基数或者实际支付加班费的计算基数低于基本工资的，应当认定用人单位违反了法定义务，按照基本工资的标准补足加班费的差额。
第四种情形是，劳动合同中没有约定基本工资和加班费。在诉讼中的，根据双方当事人提供的证据能够判断劳动者的工作时间和工资报酬。在此情形下，应当如何计算加班费？一种算法是，将实际发放的工资报酬作为制度工作时间和加班时间的所有工资，计算出每小时的工资标准，以此作为计算加班费的基数。应当看到，此种计算方式是以工资单所反映的工资为劳动者的全部工资报酬为前提的，亦即法官已对实际发放的工资是包括制度工作时间和加班时间的事实产生了确信。但是，如果劳动者有证据证明实际发放的工资并不包括加班费，则不应当按照该方式计算加班费。另外，如果以此方式计算出的每小时工资低于最低工资标准的，则应当按照最低工资标准或者在该企业从事相同或者类似工作的其他劳动者的工资标准计算加班费。
第五种情形是，用人单位在劳动合同中约定了基本工资，也约定了加班费的计算基数以基本工资为标准，但是加班费之外还支付了生活补贴、津贴、奖金。那么，在加班费计算基数补贴、津贴、奖金是否应纳入到加班费计算基数中来。我们认为，要根据补贴、津贴或者奖金的性质分别判断。一般情况下，补贴、津贴是对劳动者制度工作时间内的劳动的其他补偿，并不随用人单位的效益或者其他因素的变化而改变，因此应当计入加班费的计算基数之内。而奖金的形式有很多，如果奖金是根据劳动者的工作业绩发放的，则应当根据劳动者主张加班费的期间的工作业绩来判断是否计入工资的范围从而作为加班费的计算基准。
第六种情形是，劳动合同只约定了基本工资，没有约定加班费计算基数。那么，基本工资之外的补贴、津贴、奖金应否计入加班费计算基数？我们认为，为了防止用人单位以此形式减少其加班费的支付，侵害劳动者的权益，在劳动合同无明确约定的情况下，这些形式的工资报酬都应当计入加班费计算基数，而奖金的数额可以根据劳动者一定时期内获得的奖金的平均数额计算。
