因迟到被扣工资发生争议的，可以向单位提出异议、提起劳动仲裁，对劳动仲裁结果不满意的，可以提起劳动诉讼。
现实中很多用人单位在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。
理由有二：
首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾;
其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
