(一)审查人员存在认识偏差
“惩罚犯罪和保障人权是刑事诉讼法不可分割的两个方面，具有统一性。但是实践中构罪即捕、一捕到底、一押到底的现象普遍化。”我国刑事诉讼具有典型的职权主义色彩，国家追诉原则贯穿整个诉讼始终，“司法实践中，司法人员相当普遍的共性弱点是‘倾向于选择最严厉的手段，或者在同一种手段的裁量幅度范围内选择上限幅度’”从保障诉讼、预防再犯的角度来说，羁押是最好的手段，因此在司法实务当中，存在过度依赖羁押性强制措施的情况。
(二)法律规定不完善，导致羁押必要性审查制度可操作性不强
1、羁押必要性审查主体规定不够明确。
2、羁押必要性审查期限规定不够明确。
3、审判阶段羁押必要性审查规定不够明确。
4、自诉案件的羁押必要性审查未作规定。
5、羁押必要性审查内容不全面。
(三)变更强制措施有脱保风险
犯罪嫌疑人脱保、脱监，会干扰诉讼进程顺利进行，降低诉讼效率，造成诉讼资源的浪费。不仅如此，犯罪嫌疑人一旦脱保，其再犯可能性较大，极有可能实施新的犯罪，会使公民人身财产安全再次处于危险之中。因此，在进行羁押必要性审查的过程中，审查人员会慎重考虑嫌疑人的脱保风险。而越来越多的外来人口犯罪案件，使得犯罪嫌疑人为外来人口的羁押必要性审查成为司法实务一个新的难题。
(四)缺乏行之有效的替代性强制措施。
新刑诉法进一步完善了取保候审强制措施，重新定位了监视居住的适用条件和对象。但在实际操作中，由于国内普遍存在的案多人少情况，基层公安人员人手不足，执行监视居住措施力有不逮，除了定期要求嫌疑人报到，没有更为有力的取保候审保障措施。
