根据《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函〔2009〕118号)第二条的规定，企业取得的政策性搬迁或处置收入按4种不同的方式进行企业所得税处理：
(一)，企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权(以下简称重置固定资产)，或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。
(二)，企业没有重置或改良固定资产、技术改造或购置其他固定资产的计划或立项报告，应将搬迁收入加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用后的余额计入企业当年应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。
(三)，企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。
(四)，企业从规划搬迁次年起的五年内，其取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁的，企业搬迁收入按上述规定处理。
根据上述规定，只要企业符合以下两个条件，取得的搬迁补偿收入可不用在当年确认收入，视搬迁进展情况，可在规划搬迁次年起五年内确认收入：1、因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因搬迁。2、有新的投入计划或立项报告。此案中，由于企业提供了政府搬迁文件、搬迁协议、搬迁计划和重置固定资产的立项报告，根据上述文件，此项收入可不在当年计入应纳税所得额。很明显，企业当年多缴纳了企业所得税。
企业取得“搬迁补偿收入”除了涉及企业所得税外，还涉及营业税金及附加、土地增值税和印花税等3个税种。
