商标平行进口侵权纠纷案件按照诉讼程序来进行一个解决，根据我国《商标法》第39条规定，对侵犯注册商标专用权的，被侵权人可以向县级以上工商行政管理部门要求处理，也可以直接向人民法院起诉。可见，解决商标侵权纠纷，有由工商行政管理部门处理的行政途径，也可以通过向人民法院提起诉讼的司法途径。
1、行政解决方式
(1)商标侵权案件的行政管辖，既可以是侵权人所在地的工商行政管理部门，也可以是侵权行为地的工商行政管理部门。
(2)县级以上工商行政管理部门在受礼商标侵权案件后，通过调查取证、在认定事实的前提下，制止侵权行为，并根据侵权人违法事实和情节轻重、作出行政处罚。具体处罚措施包括：
1)责令立即停止销售;
2)收邀并销毁侵权商标标识;
3)消除现在商标上的侵权商标;
4)收邀直接专门用于商标侵权的模具、印板或者其他作案工具;
5)责令并监督销毁物品;
6)根据情节处以非法经营额50%以下或侵权所获利润五倍以下发罚款，并可以责令侵权人赔偿被侵权人的损失。
(3)商行政管理机关认为侵犯注册商标专用权的，在调查取证时可以行使下列职权：
1)询问有关当事人;
2)检查与侵犯活动有关的物品，必要时，可以责令封阅;
3)调查与侵权活动有关的行为;四、查阅、复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料。
选择工商行政管理部门处理商标侵权案件，有其独具优势：受理案件的人员业务熟悉，处理程序简便，结案较快，因而省时省力。但其明显的不足之处是行政处理决定无终局效力，当事人如对工商行政机关处理不服的，仍可以向人民法院起诉。
2、诉讼解决方式
(1)管辖。商标侵权案件可以由侵权行为地或者侵权人所在地人民法院管辖。对此，被侵权人可以自主选择侵权行为地或侵权人所在地人民法院起诉。同时，由于商标侵权案件较为复杂，目前，最高人民法院指定中级人民法院管辖。
(2)人民法院一般商标侵权案件的处理采用民事制裁的方式。基于被侵权人行使的禁止请求权、损失赔偿请求权、归还不当利益请求权、恢复信誉请求权，人民法院可单独采用或合并采用以下办法：
1)责令侵权人立即停止侵害。可以销毁构成侵权行为的物品，拆除侵权行为所用的设备，收邀直接专门用于侵权行为的工具、模板等;
2)消除影响，恢复被侵权人的信誉，如责令被侵权人在报刊杂志上登载道歉声明等，以恢复被侵权人的商业信誉;
3)赔偿被侵权人的损失，赔偿额的计算办法为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失。另外，被侵权人因调查、取证、聘请诉讼代理人或非诉讼代理人所花的费用，侵权人也应予以赔偿;
4)除上述主要办法外，人民法院还可以采取训诫、责令具结悔过、没收非法所得、罚款或拘留等措施。
