开发商违约时所支付的违约金的计算方式，应当区别两者情况：
(一)依据商品房买卖合同的约定计算
开发商与买房人就违约金数额或者损失赔偿额计算方法有约定的，一般从其约定。但如约定的违约金过分高于违约所造成的实际损失的，可以请求法院降低。根据最高人民法院司法解释的规定，法院可以支持超过造成的损失30%的违约金。举例说，如合同约定的违约金为2万，而违约造成的实际损失为1万元，那么法院最终会支持1.3万元的违约金。同时，当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金的数额。
(二)依据法律的直接规定计算
商品房买卖合同中没有约定违约金数额或者损失赔偿额计算方法的，违约金数额或者损失赔偿额可以参照以下标准确定：
1、逾期交房的违约金计算标准;按照逾期交付使用房屋期间有关主管部门公布或者资格的房地产评估机构评定的同地段同类房屋租金标准确定。这与目前普遍采用商品房买卖合同标准文本中的约定的计算方式不同，又为大家提供了一种可以借鉴的方式。
2、逾期付款的违约金计算标准;按照未付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期带卡利息的标准计算。
3、逾期办理产权登记的违约金计算标准;按照已付房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期带卡利息的标准计算。
上述三种计算标准都是在当事人没有约定标准情况下法院掌握的标准，如果当事人双方约定了标准，过高或过低时，法院将掌握这种情况下的上下限标准，即上限不低于实际损失，上限不高于实际损失的130%。
