运输合同的种类根据不同的标准，运输合同可以划分为不同的种类。
(一)按运输方式分类
根据运输方式的不同，运输合同可以分为铁路运输合同、公路运输合同、水路运输合同、航空运输合同和多式联运合同五大类。这五类运输合同主体的承运人是不同的运输企业，而托运人和旅客可以是企事业单位，也可以是公民个人。
(二)按照运送对象分类
根据运送对象，运输合同可以分为旅客运输合同和货物运输合同两类。
旅客运输合同是指把旅客作为运送对象的合同。根据运输方式的不同，旅客运输合同又分为铁路旅客运输合同、公路旅客运输合同、水路旅客运输合同以及航空旅客运输合同。与旅客运输相关的行李包裹运输，可以看作是一个独立的运输合同关系，也可以作为旅客运输合同的一个组成形式。
货物运输合同是指以货物作为运送对象的合同。根据运送方可以分为铁路、公路、水路、航空、管道、多式联运等货物运输合同。
(三)按照是否有涉外因素分类
根据是否有涉外因素，运输合同还可以分为国内运输合同和涉外运输合同两类。
国内运输合同是指运输合同当事人是中国的企业事业单位或者公民、起运地和到达地等都在国内的运输合同。
涉外运输合同是指当事人或者货物的起运地、到达地有一项涉及国外的合同，例如国际铁路货物联运合同，国际航空运输合同等。
物流运输合同纠纷可以通过法院诉讼，或者是双方和解，在第三方的主持下进行调解这样的方法来解决运输合同的纠纷问题。如果双方还要建立长久的合作关系的话，可以根据引发合同纠纷的原因选择比较折中的解决方法，诉讼对双方的合作关系伤害都是比较大的。
