按照合同法第一百一十四条的规定，违约金的性质是一种补偿，补偿对象是违约方因为未履行合同业务而给其他缔约方造成的损失。因此，如何开具发票，取决于违约金的补偿内容。一般而言，违约金补偿的内容分为以下两种。
1、接受方补偿提供方的损失
例如A、B两家企业签订销售合同，约定A企业向B企业销售货物一批，B企业自行到A企业指定的第三方仓库将货物运走。如果B企业未在约定时间运走货物，导致A企业为了贮存货物而多向仓库运营方支付保管费用，则B企业向A企业支付违约金用于弥补这种损失，属于《增值税暂行条例实施细则》第十二条列举的“价外费用”，应当由A企业向B企业开具发票，B企业凭取得的发票在企业所得税前扣除。
2、提供方补偿接受方的损失
承上例，如果A企业迟延交付货物，造成B企业产生损失，则A企业向B企业支付的违约金即用于弥补此种损失，此时B企业作为收款方是否应向A企业开具发票?答案是否定的，因为B企业作为买方没有向A企业提供商品或服务，此项违约金系卖方A企业履行义务瑕疵而承担的补偿责任，属于销售折让的范畴，因此应当由A企业向B企业开具红字发票，A企业凭红字发票的记账联冲减收入并在企业所得税前扣除。
以上两种情形都是合同履行中发生违约而产生的违约金。除此之外，还有一种违约金是补偿性质的，是在合同义务未履行即宣告解除的情况下产生的。
3、不应开具发票的违约金
例如《民法通则》第八十九条规定，当事人一方在法律规定的范围内可以向对方给付定金。债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务的，无权要求返还定金;接受定金的一方不履行债务的，应当双倍返还定金。
如果合同因未履行而发生定金没收或双倍返还的情形，因为合同义务未履行，没有发生增值税应税行为，因此这种违约补偿不能开具发票。因为定金被没收的一方或双倍返还定金的一方应当凭借签订的合同、支付凭证或其他生效的法律文书(如判决书)作为支付费用的凭证在企业所得税前扣除。
承上例，假设A企业与B企业约定，由B企业向A企业支付合同定金，而后B企业因故反悔而解除了合同，则A企业因为没有实际履行合同，没收的定金就不能向B企业开具发票。B企业可以用银行付款凭证作为企业所得税前扣除的依据，并在凭证后附带支付定金所依据的合同。
综合上面所说的，合同未执行就是说明一方没有按照合同进行履行里面的责任，那么就要承担起全部的违约责任，但对于违约金的给予就需要双方来进行协商好，只要一旦给了违约金，那么另一方就需要开具要应的发票，这样有凭有证才能得到法律的保护。
