1、印花税
由于目前注册资金属于认缴制，因此在股权变更时，往往出现股权实际转让金额与认缴金额差额较大的情况。到底以哪个金额计算印花税?
印花税是对合约总额进行计征的，而不是实际交易额。股权转让合同，必须体现股权出让方在公司认缴总额、实缴金额以及股权转让金额。印花税以三者金额最大项作为计税基础，而不是一定是某个金额。
但此约定，在不同的地市，甚至同一税务管理局的不同专管员的认知都不同，存在征收乱象。
2、个人所得税
个人所得税的基础是“股权增值金额”(=实际转让价格--实际投资金额-股权转让合理税费)。
简单理解，股权出让方原始投入为：100万元，转让价格为120万元，那么出让方股权增值了20万，印花税交了600元(以120万为税基征收)，就应该缴纳个人所得税：39880元。
如果转让价格低于初始投入，相当于出让方没有从资产转让收益中获益，因此不存在个人所得税。
在实际工作中，税务机关会以出让方转让股份所占公司净资产价值为标准来确定股权转让价格是否合理，如果转让价格低于其股权对应净资产，税务机关可以重新核定成交价格，以此来确定所转让股权公允增值，从而确定其是否应缴个人所得税。核定的最基本的标准就是：股权对应的净资产份额。当然，特殊情况下股权转让，低价也会被允许。
上述情况，国家税务总局公告2014年67号“关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》的公告”一文中有详细规定。
