1、不会影响年终奖，否则用人单位属于克扣工资，劳动者可以到劳动监察大队投诉；
2、年终奖属于奖金，是工资总额的一部分，产假是女性职工的带薪假，产假期间相当于已提供正常劳动，用人单位未按约定标准向劳动者支付劳动报酬的，就是克扣工资；
3、法律依据《国家统计局关于工资总额组成的规定》
第四条 工资总额由下列六个部分组成：
（一）计时工资；
（二）计件工资；
（三）奖金；
（四）津贴和补贴；
（五）加班加点工资；
（六）特殊情况下支付的工资。
第七条 奖金是指支付给职工的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬。包括：
（一）生产奖；
（二）节约奖；
（三）劳动竞赛奖；
（四）机关、事业单位的奖励工资；
（五）其他奖金。
《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
《劳动部对<工资支付暂行规定>有关问题的补充规定》
三、《规定》第15条中所称“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬）。不包括以下减发工资的情况：
（1）家的法律、法规中有明确规定的；
（2）依法签订的劳动合同中有明确规定的；
（3）用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的；
（4）企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准）；
（5）因劳动者请事假等相应减发工资等。
