1、概念上的差异
公租房也叫公共租赁住房，是解决新就业职工等夹心层群体住房困难的房屋。它由政府投资或政府提供政策支持的其他投资主体，属政府或公共机构所有的，通过限定户型面积、供应对象和租金标准等面向无房的大学毕业生、引进人才和其他住房困难群体进行出租的住房。廉租房是指政府以租金补贴或实物配租的方式，向符合城镇居民最低生活保障标准且住房困难的家庭提供社会保障性质的住房。廉租房的分配形式完全是以租金补贴为主，实物配租和租金减免为辅的。
2、性质上的区别
公租房是由政府政策支持，限定户型面积、供应对象和租金标准的公共租赁住房，而廉租房则是为了解决低收入家庭的基本居住问题所提供的政策性保障住房。
3、表现形式上有差异
廉租房一般有两种表现形式，一是由政府出资建好后，然后低租金给住房困难户;二是由政府发放租金补贴给住房困难户，由他们租赁社会房屋进行居住。公租房一般是政府出资建房，低租金租给租户。而且在租赁5年期满后符合条件的承租人可以按以综合造价为基准确定的价格来进行购买的。购买后可以继承、抵押，但是不得出租、转让或赠予等市场交易。如果真的因特殊原因需要转让的，由政府以购房价加利息回购，再作为公租房流转再次使用。
