打卡迟到一分钟扣除全勤奖.怎么办

在现行规定下，您确实属于违反制度的情况。
根据我国劳动法律法规的相关规定，如果员工因自身的疏忽或失误给用人单位带来了经济上的损失，用人单位有权依照双方签署的劳动合同条款，向该名员工追偿经济损失。
经济损失的赔付方式可以从员工本身的薪酬收入中予以扣除，但是每月扣除的金额不得超出其当月工资总额的百分之二十。
倘若扣除之后所剩无几的工资仍然无法达到本地月度最低工资标准的话，那么应当以该地最低工资标准作为基数来支付。

《工资支付暂行条例》
第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。