(一) 主体不同
就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方或签约方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位;而劳动合同只适用于劳动者(含应届毕业生)与用人单位(不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统)之间，与学校无关。
(二) 内容不同
毕业生就业协议的内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接受毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案，而不涉及毕业生到用人单位报到后，应享有的权利义务。劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体，劳动权利义务更为明确。
(三) 时间不同
一般来说就业协议签订在前，就业协议应在毕业生就业之前签订，而劳动合同往往在毕业生到用人单位报到后才签订。
(四) 目的不同
就业协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是对双方的基本条件以及即将签订的劳动合同的部分基本内容的大体认可，并经用人单位的上级主管部门和高校就业部门同意，一经毕业生、用人单位、高校、用人单位主管部门签字盖章，即具有一定的法律效力，是编制毕业生就业方案和将来双发订立劳动合同的依据。
(五) 适用法律不同
就业协议发生争议，除根据协议本身内容之外，主要依据现有的毕业生就业政策和法律对合同的一般规定来加以解决，尚没有专门的一部分法律对毕业生就业协议加以调整。而劳动合同发生争议，应依据《劳动法》来处理。
二 、签订就业协议的程序
1、 毕业生和用人单位达成协议并在就业协议书上签名盖章，用人单位应在协议书上注明可以接收毕业生档案的名称和地址。
2、用人单位进人，如须经主管部门同意则应报上级主管部门批准。(如当地的人事局、去上海、北京、深圳、广州则另有要求)
3、毕业生将签订好的协议书直接送到学院毕业生就业指导工作处。
4、学校会及时将协议书的审核情况反馈给用人单位和毕业生。
5、 对于考研、专升本的毕业生，在与用人单位签定协议时要说明情况，如用人单位在知情后同意签约，毕业生在录取研究生或升入本科后不承担违约责任。没有签约的考研、专升本的毕业生将就业协议书统一交到就业处。
6、核定的日期前签完就业协议书的毕业生，将协议书及时交到就业处，确保在毕业时能及时拿到就业派遣证。
