民事附带刑事案件双方达成和解后会留有案底吗？

不会的，自诉案件和解后原告撤回起诉，案件没有经过法院实体审判，不会被判刑，也就不会留有案底。而对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚，达成和解协议的案件，检察院可以作出不起诉的决定。那就不用经过法院的审判，自然也就不会被判刑，不会留有案底。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第二百八十八条

下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解： (一)因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的; (二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。 犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。