商标侵权时采取的保护措施有：
(一)要注意对证据的收集。
因为只有在证据充足的情况下，才有利于行政执法机关或司法审判机关对某一行为是否是侵权行为尽快的加以认定。
(二)应该到专业的代理机构进行咨询。
专业人士会对案件进行初步的分析，并会对细节问题提供专业建议。
(三)制作投诉书或起诉书。
投诉书或起诉书的制作要注意将事实和语气有效地结合在一起，以利于案件的顺利进行。投诉书或起诉书是直接影响案件进程的最直接因素，建议委托专业人士来完成。
(四)被侵权人可以向县级以上工商行政管理部门要求处理。
有关工商行政管理部门有权责令侵权人立即停止侵权行为，赔偿被侵权人的损失，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失。
