(一)公司的注销未经过合法的清算环节
相关债权人和利益关系人的切身利益的实现是建立在有效的、合法的清算基础上的。但是在现实生活中，公司解散后，股东等清算主体不主动进行清算，致使债权人的债权无法得到清偿，使其合法权益遭受损害。公司要想解散必须经过一个法定的环节，那就是清算，法人作为独立的民事主体，只能以其所有的财产承担相应的民事责任。此时第三方的利益将受到极大的威胁。法人在存续期间，其债权债务关系会一直存在，但是随着法人人格的消灭，与之相应的债权债务关系也会随之消灭，也就是说法人不再享有债权也不再承担债务。如果没经过清算环节的情况下进行注销登记，法人相应的债务就会随着公司的注销而消灭，对公司债权人不再承担相应的义务。我国有关法律都规定公司的解散一定要经过清算。法律对此明文规定：“法人终止，应当依法进行清算，停止清算外的活动”。
(二)股东违法分配公司财产
在实践中，公司股东并未对公司进行实质的清算程序，而是另外一种方式，就是利用违法方式，在公司财产未进行偿还债务的时候，就将公司财产在股东之间进行分配。清算时候的财产分配一定要依据法律的规范进行。我国公司法明文规定：“公司财产未按规定清偿前，不得分配给股东。”如果没有经过清算，就将财产在股东之间进行分配，债权人就有权向法院诉讼，请求法院判定该股东非法占有公司财产，并赔偿其因此种行为所受到的损失。因此在实际操作中，工商部门在受理公司注销登记申请时，要对公司是否履行了清算义务进行形式审查。如果发现公司没有进行清算，则不予给公司办理登记。否则，工商部门的行为就是无效行为，法院在审理此类案件时，就能够依照有关法律撤销工商部门的无效行为，并要求工商部门由其行为给公司债权人造成的损失承担相应的法律责任。
(三)债权申报期限的效力和预期申报债权的处理
我国公司法明文规定：“清算组应当自成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上至少公告3次。债权人应自接到通知书之日起90日内，向清算组申报其债权。”从该条规定可以看出，公司法虽然明确规定了债权申报期限，并没有对此期限的效力做出相关的规定和说明，债权人就搞不清楚此期限是债权的除斥期间还是债权的诉讼期间。此种缺陷最为常见的后果就是债权人在债权申报申报的期间内没有向清算组申报自己的债权，清算组就以债权人已过申报期限不具有法律效力为由，拒绝向债权人履行相应的债务。这是法律对于债权人利益保护的一大漏洞。
