单位不能克扣员工提成。用人单位克扣或无故拖欠提成款应该支付经济补偿金。
《劳动法》第九十一条还规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条对此作了详细的规定，即用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需支付相当于工资报酬25%的经济补偿金。
因此，由于提成款属于计件工资的主要方式之一，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者提成款的，除在规定的时间内全额支付劳动者提成款外，还需支付相当于提成款25%的经济补偿金。
现实中不管是劳动者的基本工资、提成还是加班费，单位都是没有权利克扣的。因此上文中提到的单位可以克扣工资的说法就是不准确的。当然，要是劳动者发现单位有克扣自己工资的行为，此时可以通过法律途径来维护自身利益。
