1、变更方式不同。
股权收购因为股东变动须在相应的工商行政管理部门办理变更手续，而部分资产收购不需要办理工商变更手续，如果收购的资产属不动产，须到房产部门办理过户。
当然，若是收购目标公司全部资产，被收购企业须在相应的工商行政管理部门办理注销手续。
2、承担债务不同。
股权收购后，股东应按股权比例承担相应比例的债务，而资产收购后目标公司的原有债务仍由其承担。
3、税收不同。
股权转让后，由股东缴纳增资部分的个人所得税，而资产转让后，由目标企业缴纳增值税、营业税等。
4、受影响的第三方不同。
股权收购中，影响最大的是目标企业的其他股东，而资产收购中，影响最大的是享有该资产权利的人，如担保人、抵押人、商标权人、专利人等，资产的转让须得到相关权利人的同意。
5、两者的主体和客体不同。
股权收购的主体是收购公司和目标公司的股东，客体是目标公司的股权。
而资产收购的主体是收购公司和目标公司，客体是目标公司的资产。
《公司法》第七十四条有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
（二）公司合并、分立、转让主要财产的；
（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
