破产程序中别除权的行使原则有：
1、破产案件受理后，别除人要行使权利，仍须向人民法院申报债权。按中国破产法的规定，别除权人应与其他无财产担保的债权人一样申报债权，同时别除权作为破产债权人参加破产程序受偿时，还应当与其他破产债权人一样接受债权调查。
2、在破产宣告后，别除人要行使别除权的，应向清算组提出，经清算组审查同意，由清算组清偿债权。
3、别除权应得受偿金额有争议而没有确定时，清算组应将价金单独提存。在共有人中一人破产情况下，如果就共有物设定担保的，首先应分割共有物，然后就属于破产人的那部分财产行使别除权。
4、别除权人请求受偿，应提交证明材料。
5、别除权人可以放弃优先受偿权，放弃优先受偿权的债权可以作为破产债权，依破产程序从破产财产中受偿。
6、担保物的价款超过担保债权数额时，超过部分应归破产财产纳入破产分配，如果债权人的债权大于担保财产的价值，优先受偿后未能清偿的部分，可以作为破产债权，依照破产程序受偿。别除权的产生是由于在破产宣告前，是以担保物权为基础权利，是破产法的特有概念。
