土地权属争议处理程序是指人民政府国土资源行政主管部门处理受理和处理土地权属案件的具体程序，包括土地权属争议案件的申请、受理、调查、调解和处理全过程。依据法律规定的程序受理和办理土地权属争议，是解决争议必须遵循的基本原则。
一、土地权属争议的申请
（一）申请的概念
申请：是指土地权属争议申请人要求国土资源行政主管部门接受处理土地权属争议的行为。
申请是国土资源行政主管部门处理土地权属争议的先决条件。申请人主张土地权属，要求行政机关处理土地权属争议，首先要自己提出申请，不提出申请，国土资源行政主管部门一般不主动处理。但人民政府交办的土地权属争议案件，国土资源行政主管部门应直接承办，可不须当事人申请。
（二）申请的条件
1、申请人的条件 《土地权属争议调查处理办法》对申请的条件作了明确的规定。
第一，土地权属争议申请人应与争议的土地有直接的利害关系，有明确的请求处理对象、具体的处理请求和事实根据。
第二，申请人申请处理土地权属争议，应当提交书面申请书和有关证据材料。即，申请人负有举证的责任。
当事人也可以委托代理人代为申请土地权属争议的调查处理。委托代理人申请的，应当提交授权委托书，授权委托书应当写明委托事项和权限。
2、申请书应当载明的事项
（1）申请人和被申请人的姓名或者名称、地址、邮政编码、法定代表人姓名和职务；
（2）请求的事项、事实和理由；
（3）证人的姓名、工作单位、住址、邮政编码。
二、土地权属争议的受理
（一）受理的概念
受理：是指县级以上国土资源行政主管部门或乡级人民政府依照争议管辖的规定对申请人的申请决定收案审理的行为。
（二）受理的时限
国土资源行政主管部门在收到申请人提出的土地权属争议调查处理申请后，首先要根据《土地权属争议调查处理办法》第十条的规定对申请人资格进行审查，并在收到申请书之日起7个工作日内提出是否受理的意见。
1、受理 认为应当受理的，在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人。被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据材料。逾期不提交答辩书的，不影响案件的处理。
2、不受理 认为不应当受理的，应当及时拟定不予受理建议书，报同级人民政府作出不予受理决定。
当事人对不予受理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转办的争议案件，按照本条有关规定审查处理。
不作为土地权属争议案件受理的案件包括：
（1）土地侵权案件；
（2）行政区域边界争议案件；
（3）土地违法案件；
（4）农村土地承包经营权争议案件；
（5）其他不作为土地权属争议的案件。
（三）承办人回避的制度
国土资源行政主管部门决定受理争议案件后，应当及时指定承办人，对当事人争议的事实情况进行调查，但与争议案件有利害关系的承办人应当回避。《土地权属争议调查处理办法》第十六条规定，承办人与争议案件有利害关系的，应当申请回避；当事人认为承办人与争议案件有利害关系的，有权请求该承办人回避。承办人是否回避，由受理案件的国土资源行政主管部门决定。
