对于女职工在孕期休长病的情况，根据上海市的有关文件，主要有以下处理原则：
1、职工应履行请病假手续，提供符合法律要求的病假单。一般由医疗单位开具病假条(通常为2周/次)，并由职工提交给企业。经企业审核通过后，职工开始休病假。
2、在长病假前六个月内，企业支付病假工资，具体标准如下：
连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发;
连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发;
连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发;
连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发;连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
本人工资按“职工正常情况下实得工资的70%计算。”
说明1：总体上是在原有实得工资的基础上“折上加折”。
说明2：“职工正常情况下实得工资”是包含在职在岗期间的奖金、津贴、补贴等。因休病假的职工未能正常参加工作，因此前述因生产工作而产生的工资性收入是无法享受的，典型的示例如高温补贴。
3、在长病假六个月期满后，企业支付疾病救济费，具体标准如下：
职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费，其中连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发;连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发;连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。
4、病假待遇低的“两个保底”和病假待遇高的“一个封顶”，具体标准如下：
第一个保底：职工疾病或非因工负伤休假待遇低于本企业月平均工资40%的，应补足到本企业月平均工资的40%。
第二个保底：职工疾病休假工资或疾病救济费不得低于当年本市企业职工最低标准的80%。企业职工疾病休假工资或疾病救济费最低标准不包括应由职工个人缴纳的养老、医疗、失业保险费和住房公积金。
