合同与总公司签订将款付给分公司规定？这样合法么，

你首先了解一个前提：你们分公司是独立核算还是非独立核算非独立核算不做账，你们凭自己的手续开一账号，总公司钱直接打进来即可独立核算的话，你们就麻烦了，首先违法了发票管理办法、然后你们分公司偷税，也不符合公司会计准则和具体会计规则，硬要做账的话
1、总公司收钱开票借：银行存款贷：其他应付款--分公司
2、分公司凭发票联入账借：其他应收款贷：主营业务收入
3、收到钱借：银行存款贷：其他应收款--总公司分公司的收入让总公司开票收钱风险很大

分公司一般都是非独立核算的，流转税可以在分公司所在地缴纳（或部分缴纳），所得税是要由总公司来合并申报、缴纳的（当然分公司也要申报、缴纳一部分）。
　　
1、总公司开发票，根据发票入账时；
　　借：其他应收款--分公司
　　贷：主营业务收入
　　贷：应交税金--增值税
　　
2、分公司收了款，可以给总公司开收据，作为借款入账
　　借：银行存款等
　　贷：其他应付款--总公司