子公司员工到总公司离职该怎么赔偿

子公司员工到总公司离职，赔偿情况要根据具体情形判断。
要是员工从子公司到总公司工作，这属于劳动合同主体变更。要是经协商一致变更劳动合同，新合同没明确约定工龄连续计算，并且原劳动合同终止时子公司没支付经济补偿，员工离职算经济补偿时，要把在子公司和总公司的工作年限合并起来。经济补偿按劳动者在本单位工作年限算，每满一年支付一个月工资。六个月以上不满一年，按一年算；不满六个月，支付半个月工资的经济补偿。
如果员工到总公司后，用人单位存在没按劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、没及时足额支付劳动报酬、没依法为劳动者缴纳社会保险费等情况，员工主动离职，用人单位得支付经济补偿。
要是员工严重违反用人单位的规章制度等，符合法定用人单位可解除劳动合同的情形，用人单位不用支付经济补偿。
遇到这类问题，员工要保留好相关工作证明、合同等材料。和单位协商时，明确自身权益。若协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

案情回顾:

小朱原本是子公司员工，后到总公司工作，劳动合同主体发生变更。经协商一致变更合同，但新合同未明确约定工龄连续计算，且原劳动合同终止时子公司未支付经济补偿。工作一段时间后，小朱因总公司未及时足额支付劳动报酬而主动离职。然而，总公司认为小朱严重违反公司规章制度，拒绝支付经济补偿，双方因此产生争议。

案情分析:

1、根据法律规定，在这种劳动合同主体变更，新合同未明确约定工龄连续计算且子公司未支付经济补偿的情况下，小朱离职时计算经济补偿应将在子公司和总公司的工作年限合并计算。
2、由于总公司存在未及时足额支付劳动报酬的情形，小朱主动离职，用人单位应支付经济补偿。总公司以小朱严重违反公司规章制度为由拒绝支付，需有充分证据证明小朱的行为符合法定用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿的情形，否则应依法支付经济补偿。