就税法的一般原理而言，股权转让与其他财产转让一样，其收益的性质属于资本利得。资本利得的计税基础为转让财产所获得的收入与被转让财产的取得成本之间的差额。 套用国家税务总局文件的表述方式，股权转让所得为企业“转让股权投资的收入减除股权投资成本后的余额” 或者“股权转让价减除股权成本价后的差额” 。
但是，股权转让所得与其他财产转让所得有一个很大的不同，在于它并非单纯的财产处置收益，还可能包含了“持有收益”的成分，即转让人在持有股权期间基于被投资企业经营活动的利润而应享有的权益增长部分。如果被投资企业将这些新增盈利全部分配给股东，它们就成为股权持有人的股息所得。但是，企业基于法律要求以及经营需要都不会进行全额分配。未分配的盈余留存于被投资企业，就构成资产负债表中的“盈余公积金”或“未分配利润”。对股权持有人来说，这些保留盈余通常增加了股权的内在的价值并在其处置股权时得以实现，以资本利得的形式表现出来。
依照我国现行《企业所得税法》，股息性所得与财产转让所得的税收待遇完全不同。股息性所得作为投资方从被投资方获得的属于已征收过企业所得税的税后利润，原则上，内资企业对这部分所得实行税收抵免，仅就差额税率部分补交所得税; 外商投资企业从其他企业分得的股利则完全免税。 相反，财产转让所得需要全部并入企业的应税所得额，依法缴纳企业所得税。对于股权转让所得而言，这就相当于股权转让所得中内含的股息部分(即持有收益)承担了双重税赋。
