1、检材的制作收集容易出现纰漏。一些被告往往不真诚配合办案人员收集制作检材，在提供对比笔迹时故意改变自己的平常书写习惯，甚至以不会写字为由拒绝提供对比笔迹。
2、特定时间段内被告的笔迹收集比较难。同一被告的笔迹因随着年龄的增长其在不同年龄段的笔迹有很大不同，以致需要同一时期形成的对比笔迹时，难以获得。
3、片面依靠笔迹鉴定结论。有的办案人员忽视其他证据及生活习惯、经验法则在案件审理中的作用，把查明事实的希望全部放在笔迹鉴定结论上。这样一来一旦笔迹鉴定出现问题，就容易发生错案。
4、笔迹鉴定结论相互打架。有的案件，不止进行了一次笔迹鉴定，因为鉴定机构的不同，结果对同一笔迹的鉴定，出现不同的鉴定结论，让办案人员无所适从，更加大了处理案件的难度。
综上所述，针对合同、欠条等文件上面签名的模糊，法院会委托进行签名搭配司法鉴定。专业鉴定机构受理后，会审查是否属于司法鉴定范畴、鉴定材料是否真实、鉴定事项是否用于合法目的，然后再组织专业人员对签名做出鉴定。在实际操作中，签名司法鉴定存在诸多问题，包括检材难以收集、笔迹鉴定出现冲突等。
