如果被征收土地的所有权人、使用权人对“补偿标准”有争议的，即进入争议协调、裁决程序。需要指出的是，除了“补偿标准”外，被征收土地的所有权人、使用权人不得对“征地补偿安置方案”的其他内容提出异议。但是，即使被征收土地的所有权人、使用权人提出了征地补偿、安置争议，也不影响征用土地方案的实施。如同行政复议、行政诉讼不停止执行所争议的具体行政行为一样。不同的是，这里没有可以停止执行的“例外情形”。
(一)协调：对补偿标准有争议的，由县级以上地方政府协调。“协调”，即“协商调解”，属于非诉讼解决争议(ADR)的一种方法。《土地管理法》、《土地管理法实施条例》对协调的具体步骤没有特别规定，由主持协调的政府裁量确定。“协调”程序简便灵活，如能够解决争议，与诉讼相比，则它具有低成本、高效率的特点。
(二)裁决：如对补偿标准争议协调不成的，则由批准征用土地的政府裁决。依照《土地管理法》的规定，这里的“批准征用土地的政府”是指国务院和省级政府。裁决程序如何进行，《土地管理法》、《土地管理法实施条例》都没有具体规定。
